故事发生在2369 年，深空九号太空站本来是卡达西人占领贝久后所建造的采矿太空站﹝原名「Terok Nor」﹞，一直到资源全被卡达西人掏空后，卡达西人留下了这个采矿站离开，贝久人因为资源不足无法重建自己的家园，只好向星际联邦求助。太空站由星际联邦与贝久星共同管理，并更名为「深空九号」，于是它变成了联邦最偏远的太空站。 在第一集里太空站附近发现一个稳定的虫洞，可以迅速地往返遥远的Gamma象限。这个发现瞬间让这个太空站成为星际联邦最有价值的太空站，也成为进入这个广大未开拓宇宙空间的重要商业中心和军事重地。虽然电视指南（TV Guide）认为《深空九号》在「演、编、制以及整体而言都是最好的星舰系列剧集」，然而很多传统星舰迷一开始并不能完全接受它，有人说它背弃了星舰原创人吉恩罗登贝瑞的原始构想，不过根据报导，罗登贝瑞在死前认可了这个剧集的概念。 「DS9」颠复了以往Star Trek系列对未来世界过分理想化的描述，它是由一个废弃的采矿站加上默契欠佳的成员所组成的，而且由于深空九号太空站的地理位置和特殊的外交，站长偶尔就必须在有意无意间忽视或违背星际联邦的「最高指导原则」，在这许多不完美的条件下，发展出新的风格和管理的方式。「DS9」里所刻划的星舰时空是一个介于银河里各个大国之间的强权政治时代，基本上「DS9」偏重于探讨战争、宗教、政治妥协以及其他现代议题等等，很多人性的黑暗面都会在剧集中表露无疑，然而对于外来种族执意的侵略，为了保护联邦无辜的公民，星际联邦只好让战争在边境发生，这场战争打了四年，「DS9」后期的剧情就以这场「自治同盟战争」为主轴，主角们也渐渐获得成长，和一开始成员间的不协调已经完全不同了。
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